对于监管者而言，最重要的问题是高频交易对于市场运行质量的影响。学术界围绕这一问题也进行了许多的探索。根据研究方法的不同，这些文献可以分为理论研究和实证研究，实证研究中常用的方法是事件研究法和账户分类法等。现有研究大部分研究的观点认为，高频交易能够改善市场的流动性，促进价格发现功能，但是可能会加大市场的波动。

由于数据限制，高频交易商的准确识别相对比较困难。一部分研究者借助交易所系统升级、开放主机托管服务等事件，对比了交易速度提升前后市场运行质量的变化，间接研究了高频交易商对市场运行质量的影响。另一部分研究者利用独特的交易数据集，对交易账户进行分类，通过分析高频交易商的行为研究高频交易对市场的影响。

虽然理论模型普遍认为高频交易能够改善市场的流动性，但是事件研究法的结果并不一致。部分研究者发现交易所降低交易延迟，并不一定能够改善市场流动性。另外，几乎所有的研究者都认为，交易所降低交易延迟能够改善市场的价格发现功能。