算法交易一般是指系统执行交易指令的过程，它是指使用计算机程序，利用一定的算法，自动决定如何下达指令和管理指令。换言之，算法交易并不负责交易决策的制定，仅仅只是负责优化买卖指令的执行方式。
算法交易根据市场环境的不同处理交易指令，选择指令的下单方式，确定是否分割交易为交易数量更小的指令，并根据指令的执行情况和市场的情形确定是否需要终止指令的执行进行平仓或者撤单。但是，算法交易并不涉及何时买卖证券以及买卖什么证券。而高频交易则是利用计算机系统处理数据，根据量化分析的结果做出交易决策并快速执行。从上面的分析可以看出，高频交易和算法交易既有相同，又有不同。相同之处在于，高频交易和算法交易都强调使用计算机技术。
无论算法交易还是高频交易，二者都是基于计算机来实现的，或者是基于算法来实现，或者是强调数理模型的作用。而不同之处则在于以下两点：1）高频交易和算法交易存在功能的区别。从功能的角度讲，算法交易仅仅涉及交易指令的执行和管理，强调使用计算机程序进行交易在速度、精确度上的优势，强调算法交易的低延迟。算法交易的目的是为了最小化交易成本。除此之外，算法交易并不考虑交易的其他方面。相反，高频交易贯穿整个交易过程，不仅仅需要考虑指令的执行和管理，还需要考虑如何做出交易决策以及何时做出交易决策。
高频交易是一个完整的交易过程，交易指令的执行及其管理仅仅只是高频交易中的一个环节。高频交易其最终的目的是利用合理的交易策略进行交易，赚取利润。2）高频交易和算法交易在持有时间上有本质不同：对于高频交易而言，交易机会瞬间即逝，因此，强调交易的快捷性，交易时间很短。这种较短的交易时间是由高频交易本身的性质所决定的。相反，算法交易的持有时间可长可短，很难一概而论。本质上，算法交易的持有时间是由与算法交易相配合的交易策略所决定的，而不是由算法交易所决定的。
另一方面，考虑到算法交易的低成本和低延迟等特性，高频交易中指令的执行一般都是通过算法交易来进行。实际上，对于高频交易中的指令执行和管理，算法交易无疑是最优的选择。因此，可以这么理解高频交易和算法交易之间的关系：所有的高频交易都是算法交易，但是并非所有的算法交易都是高频交易。
