一旦市场出现微小的差价，给投资者以“无风险套利”的空间，市场参与者必然会利用“高频交易”的手段获取这种差价 ② ，结果导致微小的差价迅速消除。 故高频交易是有助于提高市场有效性的，其逻辑过程是，高频交易增加了金融市场的流动性， 高度竞争的流动性促使价格与价值趋于一致。
而价格与价值快速趋于一致，就可以增加市场的有效性。 有效市场能够提升金融市场配置资源的效率，因为在有效市场中，投资者所购买的证券，都是物有所值，任何金融资产都是以质论价的，不存在垃圾证券占据市场，而绩优股被排挤的情况。然而，这仅仅是有效市场假说纯理论推演， 且这种推演是有严格约束前提的。实际情况是，高频交易促进市场流动性被证实， 但提高市场有效性却未能实现，否则就不应当出现“闪电崩盘”事件。
进一步分析，原因如下：
第一， 高频交易带来的流动对市场产生巨大冲击力。 由于高频交易在短时间内会产生惊人的换手率，以“5?6闪电崩盘”事件为例，在当地时间下午2点45分13秒至2点45分27秒短短15秒之内，高频交易商交易了超过27 000份E-Mini S&P 500合约，占总交易量的49%，其价值达到41亿美元。这样的交易行为通过“羊群效应”被放大之后，无疑会导致市场在短时间出现大幅度波动， 从而危及整个市场稳定性 [6] 。
第二，高频交易的自动买进或抛售指令导致“多米诺”效应。前面提到高频交易大多是基于算法交易的程序设计，而这个程序是由少数软件编程人员设计的，程序的内核有着诸多相似之处，例如在何种价位执行自动买入、在何种价位执行自动抛售，在何种情况下执行自动止损等。若某个操盘手的软件触发了自动抛售的指令，这一指令又会触发同类证券持有者自动抛售的指令，如此循环形成一种很强的正面反馈效应，其结果将导致某类证券的价格在瞬间暴跌，甚至会通过多米诺效应导致整个市场崩盘。
第三，高频交易的跨市场联动操作容易引发系统性风险。由于高频交易是通过事先设计交易程序与组合交易策略进行交易的。为了利用微小的价格差异获得最大收益，高频交易者往往会制定跨市场交易策略（跨市场套利）。例如在2010年5月6日，投机者在买入E-Mini S&P 500合约的同时卖出ETF SPY以及S&P 500指数成分股进行套利，致使ETF SPY市场和S&P500指数成分股瞬间暴跌，ETF SPY的价格也随即下跌。随后，投机者在ETF SPY和E-Mini S&P 500之间进行跨市场组合操作，导致不同品种、不同市场的价格出现螺旋式下跌的现象。这种跨市场螺旋式下跌效应一旦持续下去，极易引发系统性风险。
第四，计算机系统的稳定性对市场稳定性将产生重大影响。由于高频交易是依托于高速计算机系统与海量数据存储系统进行的，因此对计算机系统、数据存储器的稳定性、安全性要求极高。目前虽尚未见到因为计算机系统崩溃导致市场全面崩溃的例子，但可以肯定地说，一旦支持高频交易的计算机系统与海量数据存储系统出现任何技术故障，其后果的严重性要远远超出“闪电崩盘”事件。
当然，高频交易刺激市场流动性增强，其结果也并非一无是处， 这种高频率的交易方式以其极为迅速的换手率，能够在最大程度上向市场释放流动性，使金融市场的市值大幅度增值， 从而增强市场的活跃程度，吸引更多的市场参与者加入竞价，强化市场的价格发现功能， 也有利于金融市场更好地测试金融工具、金融资产的价值。
但正如前面所指出的，这些功能的实现，具有严格的假定前提，诸如市场主体掌握完全信息、市场参与者的决策是充分理性的，然而这些约束条件在很多情况下并不具备或不完全具备。 故高频交易提高市场效率的正面效应受到很大的掣肘，这也是“闪电崩盘”事件出现之后，高频交易屡遭批评与诟病的原因之一。 特别是高频交易的高换手率， 从宏观层面容易导致金融资本运动与实体经济运行脱节，从而助涨金融虚假繁荣的金融泡沫，这更是值得市场建设者与监管者深思的。
