因新交易方式的透明度、公开性和对散户的欠公平，它已招致政界人物的指责。去年秋季，证券交易委员会宣称其将在2010年年初对股票市场结构进行全面审查以研究高频交易和其他已招致批评交易类型对于市场的影响。尽管证券交易委员会认为高频交易对于市场有一定的有利影响，他们还是对此类操作的泛滥对市场造成的潜在影响非常关注。

　　闪电交易是高频交易的一部分。2009年8月4日，美国民主党参议员考夫曼和美国证券交易委员会(SEC)主席夏皮洛表示，SEC计划发布“闪电交易”(Flash Order)禁令。“市场缺乏透明会削弱公众对股票市场的信心，我们将继续竭尽所能，积极追踪由高频交易或是其他交易类型造成的非法操纵市场的行为。”夏皮洛在致美国参议员考夫曼(Ted Kaufman)的信中说道。考夫曼是国会反对高频交易的代表人物。纳斯达克COE罗伯特?格雷费尔德(Robert Greifeld)也呼吁立刻禁止这类交易。让美国金融监管部门更为担忧的是，部分高频交易策略给市场带来的不仅仅是动荡，还有不公平。

　　联位(co—location)是目前最具争议的交易形式之一，该交易形式是通过将交易系统设置在某个交易所的数据中心，以缩短交易指令向交易所传递的执行时滞。这几乎已成为美国以及欧洲所有大型股票和衍生品交易所的普遍做法。

　　对于高频交易者来说，联位是操作的关键所在。他们必须以最快的速度获取最新的市场数据，以预见下一秒市场指令的流动方向。根据价格优先、时间优先的规则，他们必须比所有其他交易所更快地发送他们的报价，以抢夺成功交易的权利。

　　商品期货交易委员会在去年8月向美国期货交易所发起了有关其联位服务的一系列调查，该机构要求交易所提供使用这些服务的用户数量，该服务所形成的交易量大小，以及服务资格要求和费率情况。商品期货交易委员会尚未披露此项调查的结果。