如果用浅显易懂的语言来解释其问题所在：比如你要在超市花10元买一升牛奶，但当你走到收银台结帐的时候，价格已经涨到了10.1元，而且你只能买到四分之三升牛奶。在这个情形里，高频交易的证券公司就是速度极快、且能推测你购买行为的其他顾客。但如果这样的顾客太多，超市可能就很难维持正常的秩序了。
由于负责高频交易的计算机发生故障而引起的大小事故也频频见诸报端，除去2012年早些时候骑士资本的巨额亏损和BATS交易所的“闪电崩盘”，消息人士甚至对美国国会表示，发生在个股上的微小事故几乎每天都在发生。
《商业内幕》报道称，从2011年8月至2012年09月27日，交易资料库的开发商Nanex就记录下了2000多起非正常的股票波动情况。
《华尔街日报》2012年里某些报道也指出，多名内幕揭露人士称交易所往往会给采取高频交易的证券公司提供“特殊照顾”；而不久前美国证券委员会就向纽约泛欧交易所开出了500万美元的罚单，原因则是后者给某些机构客户提供信息的速度更快。
所以高频交易也常常因与下面三个词汇挂钩而臭名昭著：高频交易在中国客观来说，A股市场其实是限制高频交易最好的市场。因为国内市场主要采用的是T+1交易制度，普通投资者难以进行一般意义上的高频交易。虽然通过建仓及分散持仓可以近似模拟高频交易，但是由于法律法规限制同一人实际控制的账户之间进行大量或频繁的交易，这种交易可能会被认定为市场操纵。
期货市场虽然采用T+0交易制度，但交易规则将日内频繁回转交易以及计算机程序自动批量下单、快速下单的交易列为异常交易行为，因此高频交易同样受到限制。在加上做空困难的制度、估值期货大合约、点数差价较大、交易信息截片提供而非连续提供，在A股市场进行高频交易其实存在诸多困难。
面对近期股市断崖式的暴跌，政府采取了一系列的救市措施，更是加强了对异常交易行为的监管。7月31日，中金所宣布调整交易手续费，增加了申报费这一新的收费类型。8月3日，沪深交易所又修改了融资融券规则，将融券卖出和还券环节操作从“T+0”修改为“T+1”。同时，对从事股指期货套利、投机交易的客户，单个合约每日报撤单行为超过400次、每日自成交行为超过5次的，认定为“异常交易行为”。市场上认为这这些调整都与限制高频交易有关。
然而，这也并未阻止国际高频交易员进一步涉足庞大的中国资本市场。全球最大高频交易公司之一的Virtu本周三表示，它已经启动自动化做市策略来买卖中国内地上市的大宗商品。另一家高频交易商Optiver于两年前就进入了中国市场，本周二，Optiver也表示正在不断壮大在大中华区的业务。国际知名交易平台提供商KCG控股在6月份也指出在中国内地还存在诸多机遇。
