一些业界人士认为，高频交易在非常短的时间内买卖以及取消下单来获取利润，增大了金融市场的波动性，将没有技术支持的普通投资者置于一种被动状态，而一旦高频交易公司的电脑发生故障，成千上万错误的买盘指令将充斥整个市场，造成价格水平的巨大波动，甚至可以使得某一个交易所的系统崩溃。
由于负责高频交易的计算机发生故障，而引起的大小事故频频发生。2012年8月1日， 骑士资本在短短45分钟内亏损了4.4亿美元；2012年3月，美国第三大交易所BATS在IPO时发生“闪电崩盘”......而个股上的微小事故几乎每天都在发生。
美国著名金融作家、《大空头》作者迈克尔?刘易斯在《快闪小子》一书中，揭露了美国市场上高频交易的种种黑幕，指责高频交易公司利用高频交易背后的物理优势进行不公平交易。
大型资产管理公司也抱怨称，高频交易者极为迅速地改变买卖价格，以此为优势赚取高额交易利润，但这种做法使得传统资产管理公司的利润空间被压缩。
高频交易和癌细胞的类似之处：
1.癌细胞吸收大量营养，快速增殖且不会死亡，掏空机体，使得宿主能量耗尽而死。高频交易消耗巨量手续费，获取暴利，高频交易者数量快速增加，几乎没有回撤，市场最终会被高频交易毁掉。
2.癌细胞抢夺了正常细胞的营养，杀死了正常细胞。高频交易从让市场出现闪崩秒涨，大额滑点，让正常交易者付出巨大额外成本，难以正常买卖交易，从正常的投机者、套利、套保者手中抢来的无数金钱，最终会导致承担了市场风险的正常交易者规模不断萎缩。
3.癌细胞对人体毫无贡献，完全是寄生虫。高频交易对市场而言也完全没有贡献，其所谓的贡献交易量是寄生在正常交易量基础上，没有正常的交易量作为基础，高频对高频的市场无从谈起，正常的交易者承担市场风险获取与其相匹配的利润，帮助市场形成一个合理的价格，而高频交易无视价格基础，利用其物理优势进行抢劫。除此之外，不加限制的高频交易最后会演变成为军备竞赛，他们会把金钱不断砸到硬件设备上，市场变成了强盗们互相进攻的演武场，失去了价格发现和防范价格波动风险的意义。
