程序化交易最引发争议的一个问题是，很多人认为程序化交易加剧了市场价格波动。由于机构投资者是程序化交易的主要市场参与者，因此，有人认为程序化交易更多地损害了中小投资者的利益。对于这种观点，诸多欧美金融经济学家进行了大量的理论和实证研究，经济学家的研究结果表明：程序化交易与市场价格波动之间没有必然的联系，同样，也没有证据显示指数套利加剧了市场价格的波动。

　　另外，美国证券交易委员会（SEC）曾对1997年10月27—28日美国股市经历的大动荡进行了调查，结果发现，包括指数套利、动态对冲以及指数期货等程序化交易在这两日内的交易行为均属正常，没有对市场振荡和价格巨幅下挫产生负面影响。

　　最近一两年，高频交易越来越受到欧美金融市场监管层的关注。在某些经纪商看来，有些高频交易方式例如闪电指令，属于“有毒”的下单方式。正是闪电指令这种有毒的交易方式，导致成交量激增，尤其是在纽约证券交易所上市的股票，同时报价变化也相应出现激增，短期的波动率剧烈上升。

如今，纽约证券交易所的专业交易员所进行的交易只占总成交量的大约25％，这个数字在过去曾经是80％。有些高频交易者（如高盛）利用市场下单指令流的内幕信息来交易，从市场的其他参与者处提取数以十亿计的美元。鉴于所谓的闪电指令技术给予使用闪电般迅速的计算机的高频交易者不公平的优势，纳斯达克市场从2009年9月1日开始终止使用闪电指令。