高频交易的运行程序由计算机执行，交易速度非常快。同时交易决策权几乎全部让渡给机器，一旦交易启动，人根本来不及控制，小火误即会造成大恶果。例如在2010年的美股千点暴跌，就据称足花旗的交易员错将“M”(百万)打成了“B”(十亿)，至少触发了宝洁一个道指成分股急剧下挫，并最终触发程序化交易，由此引发了连锁反应，一笔交易迫使另外一笔交易发生。监管当局根本无法采取有效的对策也无法判定连锁反应的源头。
高频交易还能将大单指令分成许多小单，通过在同一时间内大量买入或连续下单和撤单来欺骗交易对手，诱发跟风者的大额买单，不断地抬高买入竞价，而自己却在较高的价位沽空股票。在如此迅速及大量的交易rf?，j}{f管者很难判定高频交易者足否在进行市场操纵。
2．资本市场和金融业的“虚拟化”趋势增强
高频交易所反映的证券价格跟所交易证券的内在价值几乎没有关系，并不能反映市场对与该证券的真实需求。这就会使得资本市场偏离了证券价格发现的基本功能，变成高频交易商纯粹的套利工具，将价值投资者或不知情交易者逼出金融市场，扰乱金融市场的定价，是金融市场火去了作为实体经济发展好坏的晴雨表的功能，而使金融业逐渐脱离实体经济，成为，‘个虚拟的交易策略赌场。
3．不利于市场公平
高频交易商利用其明显的、绝对的技术优势，使其他市场参与者于不利的竞争地位。例如2009年1月被美国证交会禁止的闪电指令，就是利用交易制度的漏洞，在交易指令传给其他人之前的瞬间，将其传递给受到特殊待遇的高频交易商，遭到了传统交易者的强烈批评。由于进入门槛相当高，需要有极高的数学、计算机、金融知识，这就将普通交易者排斥在外，使得高频交易成为了垄断性大机构攫取公众利益的核武器。同时会使普通交易者信心受挫，被迫远离资本市场，对于市场的公平性有着极大的破坏性。
