交易费用
对于高频交易而言，交易费用至关重要。高频交易的交易费用包括固定交易成本和冲击成本。虽然针对每次交易而言，固定交易成本可能都微不足道。但是，考虑到每笔高频交易十分微薄的收益率，固定交易成本的影响仍不可小视。从固定交易成本的角度，高频交易应该选择固定交易成本低的证券品种作为交易对象。比如，股指期货或者国债期货。而从冲击成本的角度来看，如果交易对象的流动性不好，买卖的冲击成本很高，那么高频交易所产生的微薄利润必然会部分或全部被冲击成本侵蚀。所以，必须选择流通性好、成交量大的证券品种作为交易对象。从这个角度而言，股指期货当月合约和下月合约成交量大，流动性好，是合适的交易对象。
指令类型
对于高频交易而言，另外一个需要注意的地方指令的类型。一般而言，指令分为两种市价指令和限价指令。不同的指令类型，在指令的执行价格、执行时间之间有着明显的区别。
根据中金所发布的《中国金融期货交易所交易细则》，交易指令可以分为市价指令、限价指令和交易所规定的其他指令。其中，“市价指令是指不限定价格的、按照当时市场上可执行的最优报价成交的指令”，“限价指令是指按照限定价格或者更优价格成交的指令”，限价指令在买入时，必须在其限价或者限价以下的价格成交；在卖出时，必须在其限价或者限价以上的价格成交。并且《细则》明确指出，市价指令只能和限价指令撮合成交，成交价格等于即时最优限价指令的限定价格。
市价指令和限价指令在成交价格和成交时间方面有着明显的不同。从成交价格方面讲，市价指令以当时市场上可执行的最优报价成交，因此，成交价格存在明显的不确定性。而限价指令则按照限定价格或者更优价格成交。从成交时间方面讲，市价指令及时成交，未成交部分自动撤销。而限价指令当日有效，可以在价格满足条件的任意时刻成交，存在成交时间的不确定性。限价指令未成交部分可以撤销。
由此可见，市价指令由于成交价格不确定，存在价格成本；限价指令由于成交时间不确定，存在机会成本。
策略有效性
基于高频数据进行的交易，其策略的有效性往往依赖于特定的行情。即使该策略不依赖于特定的行情，但是随着时间的流逝，该策略也可能会“衰变”，慢慢失效。
和传统的交易一样，高频交易策略往往依赖于某些特定的行情，比如偏差套利策略往往需要市场行情波动剧烈。当市场比较平淡时，策略会逐渐无效。当然，与其说这是策略的“失效性”，不如说这是策略的“时效性”。因为随着市场行情的变化，策略可能会恢复有效。
另一方面，有些策略可能会真正失效。大部分高频交易策略都存在一个有效期，超过有效期之后，策略的收益会随着时间明显下降，也就是常说的Alpha衰退。衰退的原因可能是由于市场上不同高频交易者的竞争，也可能是市场结构的改变，不一而足，很难一概而论。
